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重庆大学热能工程系起源于20世纪30年代兴办的机械系动力科，承担本科、研究生的教学任务以及硕士、博士的培养任务。热能工程系目前有专任教师14人，其中教授5人，副教授7人，讲师2人，杰出青年基金获得者1人，教育部新世纪人才1人。教师研究方向包括微燃烧、低热值燃料的清洁高效利用、洁净煤燃烧、烟气脱硫脱硝、燃料电池、微尺度多相流动与传热传质、微生物能源转化、系统节能等。热能工程系目前拥有低品位燃料高效燃烧及污染物控制实验室、清洁燃烧技术研究及工程应用基地等研究平台，实验室面积近1000平方米，拥有的大型实验台架及仪器总价值超过3000万元。近年来热能系老师依托“低品位能源利用技术及系统教育部重点实验室”等研究平台承担了国家级、省部级及大型企业研发项目上百项，获得国家科技进步二等奖，教育部科技进步一等奖等多项科技奖励。
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重庆大学核能工程系起源于20世纪50年代兴办的工程物理系。2006年教育部批准重庆大学重建核工程与核技术专业，2007年开始单独招生，现已扩展为核工程与核技术两个专业方向。核工程与核技术专业所在学科核科学与技术为重庆市一级重点学科，相关工程热物理学科是国家二级重点学科。本学科2011年获批一级硕士学位授权点，于同年获批重庆市十二五一级重点学科。学科现有核工程与核技术专业实验室、反应堆热工水力研究室、核动力仿真研究室、核电子学研究室、反应堆材料及燃料循环研究室等研究机构；此外还拥有与本学科相关的热动类专业创新实验室、热工重庆市重点实验室和国家级能源与动力电气虚拟仿真实验中心。目前的研究方向包括核反应堆热工水力学、核反应堆动力学控制与仿真、燃料循环及反应堆工程材料、核动力系统安全学、核反应堆物理理论与数值计算方法、核技术及应用等。核能工程系现有教学和科研人员50余人，有6000平方米的集中实验用房和总价值5600余万元的仪器设备。核能工程系以大型核工程与核技术相关企业、研究所及国家安全为主要服务对象，依托西南地区相关研究设计单位和核能生产企业承担了国防军工项目、国家级和省部级项目，与包括中广核、近代物理研究所等在内的大型企事业单位共建实验室并开展本科、研究生联合培养工作和人才培训工作。为中国核工程与核技术相关研究院所、大型企事业单位输送了大量的人才，有些人才已经成为所在单位的骨干力量。
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